大阪市中央区の道修町（どしょうまち）は江戸時代から続く「薬の町」として知られ、現代でも武田薬品・田辺三菱製薬・塩野義製薬など日本を代表する製薬会社が軒を連ねる。その道修町の中心に鎮座するのが少彦名神社（すくなひこなじんじゃ）。江戸時代、全国の薬が一度この道修町に集められてから各地へ流通していたとされ、薬業者たちが「薬の神」として少名毘古那神を祀ったのがこの神社の始まり。同社では少名毘古那神と並んで古代中国の医薬の神・神農炎帝（しんのうえんてい）も祀られており、日本と中国の医薬神が同座する珍しい神社として知られる。毎年11月22・23日の「神農祭（しんのうさい）」は「薬の町・道修町」の一大行事で、「張り子の虎（はりこのとら）」という虎のお守りを授ける独自の慣習があり、大阪の冬の風物詩になっている。名古屋から新幹線で約50分、医療・薬業従事者には特別な参拝地として人気が高い。

明治2年（1869年）、「蝦夷地」と呼ばれていた北海道が正式に「北海道」と命名され、日本の国土として開拓が始まった際、北海道開拓の守護神として「開拓三神」が奉遷された。大国魂神（おおくにたまのかみ）・大那牟遅神（おおなむちのかみ・大国主神）・そして少彦名神（すくなひこなのかみ）の三柱である。少名毘古那神と大国主神は神話の中で共に「未開の葦原中国を開拓した」二柱であり、その神格がそのまま「未開の北の大地を開拓する」明治の開拓事業の守護神として選ばれた。現代の北海道神宮は約18万㎡の広大な境内を持つ北海道随一の大社となっており、野生のエゾリスやキタキツネが生息する自然豊かな境内は道内屈指のパワースポットとして知られる。「古代の国造り神が、現代の北の大地をも守護している」という連続性が少名毘古那神の神格の普遍性を示している。

民俗学者・折口信夫（おりくちしのぶ）は「まれびと（稀人・客人）」という概念を提唱し、「海の彼方の常世（とこよ）から年に一度やってきて、人々に福をもたらしてから帰っていく神」という日本の原始信仰の形を明らかにした。少名毘古那神はこの「まれびと」の典型例とされる。常世の国から波を渡って突然現れ（来訪）、大国主神と共に国造りという偉大な仕事を成し遂げ（福をもたらす）、完成後に常世へ去る（帰還）——この構造は「訪れる→働く→去る」という来訪神の典型的なパターンである。「えびす（恵比寿）神」信仰にも通じるこの「海から来る神」という信仰は、日本各地の漁村・海岸沿いの神社に今も息づいており、少名毘古那神はその原型的な神格を持つ。「波頭を渡る小さな神」という古事記の描写は、単なる神話の描写にとどまらず、古代日本人の「海の向こうに神の国がある」という世界観の結晶でもある。