大物主神との婚姻——三輪山の神が夜にだけ訪れた神秘の結婚
日本書紀によれば、倭迹迹日百襲姫命は大物主神から求婚を受け婚姻した。大物主神は昼間は姿を見せず夜にだけ来訪した。妻は「昼間にお姿を見たい」と懇願し、翌朝櫛箱を見ると中に小さな蛇がいた（これが大物主神の真の姿だった）。驚いて叫んだ姫を恥じた大物主神は三輪山に帰り、嘆いた姫は箸で陰部を傷つけて崩御した（箸墓の名の由来）。「夜だけ来る神の夫」という婚姻形態は古代日本の婚姻習俗（妻問い婚）を反映した神話として研究される。

卑弥呼との関連——邪馬台国論争の鍵を握る女神
3世紀の中国の歴史書「魏志倭人伝」に記録された邪馬台国の女王・卑弥呼（ひみこ）と倭迹迹日百襲姫命を同一人物とする学説がある。両者が「未婚の巫女的女性」「神と交わった存在」「崇神天皇の時代に活躍」という共通点を持ち、箸墓古墳の築造時期（3世紀後半）が卑弥呼の死亡時期と一致するとされることが主な根拠。邪馬台国畿内説（奈良に邪馬台国があったとする説）の重要な論拠のひとつとなっている。